খুলনা বিভাগ এর পশ্চিমে পশ্চিমবঙ্গ রাজ্যের সীমানা, উত্তরে রাজশাহী বিভাগ, পূর্বে ঢাকা বিভাগ ও বরিশাল বিভাগ এবং দক্ষিণে বিখ্যাত ম্যানগ্রোভ বন নামে পরিচিত সুন্দরবন সহ বঙ্গোপসাগরের উপর তটরেখা রয়েছে। এটি গঙ্গা নদীর দ্বীপ বা গ্রেটার বেঙ্গল ডেল্টার একটি অংশবিশেষ। অন্যান্য নদীর মধ্যে রয়েছে মধুমতি নদী, ভৈরব নদী ও কপোতাক্ষ নদী। এছাড়াও অঞ্চলের বঙ্গোপসাগরের কয়েকটি দ্বীপ রয়েছে।
ঢাকা থেকে বাগেরহাটে সাধারনত সড়ক পথেই যাতায়েত করা হয়ে থাকে। ঢাকা থেকে বাগেরহাট জেলায় সড়ক পথে যাতায়েত করতে সময় লাগে ৭ থেকে ৮ ঘন্টা, তবে ফেরী পারাপারের সময় যানজট থাকলে সময় বেশী লাগে।
খুলনা ও যশোর রুটের অনেক গাড়ী লঞ্চে যাত্রী পারাপার করে থাকে। লঞ্চে যাতায়াত করলে সময় ও অর্থ দুটোই কম লাগে।